Colombia tiene el número más grande de especies por unidad de área en el planeta, en total es el segundo país más mega diverso después de Brasil, el cual es más extenso que Colombia. A nivel global Colombia posee la mitad de los páramos existente en el planeta, lo que lo convierte en uno de los países con más áreas húmedas en el mundo, al poseer 44.25% de los páramos de Sudamérica. La diversidad en el país es causa de los diferentes ecosistemas que se pueden encontrar a lo largo de su territorio. En el Chocó existe el mayor porcentaje de en demismo del mundo para un área continental, incluso para las aves; pero muchas especies endémicas están en peligro de extinción. Se estima que en el Chocó colombiano se encuentran de 8 a 9 mil especies de plantas, de las cuales una cuarta parte son endémicas. En cuanto a la fauna, de las 56 especies de anfibios, 47 son endémicas. En los ecosistemas de alturas es también relativamente mayor la diversidad biológica en las cumbres de la cordillera oriental, que en el resto de las montañas tropicales del mundo; la mayor concentración de especies de frailejón se encuentran en el páramo de la Rusia, cerca de Duitama, en la cordillera oriental.
Entre los parques nacionales por su biodiversidad, sobresalen: los farallones de Cali, con cerca de 600 especies de aves (casi el 7% del mundo), la Sierra Nevada del Cocuy, el Parque Tayrona, el corredor de los Picachos, Tinigua y la Sierra de la Macarena, tiene más especies que el conjunto de los anteriores. La mayor diversidad de flora y fauna dentro de los biomas terrestres de Colombia se halla en las selvas lluviosas, ubicadas en la Región Pacífica, la selva amazónica y el bosque andino. En cuanto a la de forestación, se estima que 280 mil hectáreas de bosque se talan cada año. Por otro lado, la minería ilegal que afecta a 16 departamentos, ha causado considerables daños ambientales.
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